故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团…

故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团…

一天，月亮在这个学园变成了红色的，一切都变了，原本力量强大的海地司被熇炎带进反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启被封印多年时空裂缝，窜出的闇黑气息连带影响日月潮汐，萌学园的生活都变了，夸克族会打败闇黑势力吗？

捍卫宇宙和平的萌骑士团，由幻之星、智之星、十之星、炎之星、月之星坚持到底，展开为正义奋斗和保护地球的神圣使命。

捍卫宇宙和平的萌骑士团，由幻之星、智之星、十之星、炎之星、月之星坚持到底，展开为正义奋斗和保护地球的神圣使命。

力量强大的海地司进入反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启时空裂缝！窜出的暗黑气息连带影响日月潮汐，夸克族即将灭亡！萌学园人心惶惶，学生们纷纷出走，长老会新派任的校长要追查出隐藏在反噬镜里的秘密……

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。